医工总院长期以来秉承研发贴近产业、服务产业和扎根产业的理念和特色，以重大疾病新药创制与制药工艺关键技术及产业化开发为目标，以企业和市场需求为导向，向全国制药企业提供众多的药物品种和工艺技术。
医工总院拥有中国工程院院士1名，研究员52名；历年来拥有中国工程院院士3名，拥有获得国务院特殊津贴专家116人。医工总院为国务院首批通过的药学研究生培养一级学科单位，拥有9个硕士点、7个博士点、1个博士后流动站。2000年起与上海交通大学合作创办上海交通大学药学院。目前在读博士研究生100余人，硕士研究生200余人。
医工总院拥有从新药创制到工艺研发，从原料药研发到新型制剂研发，从新药开发的平台支撑到医药工业信息服务等整个药物研发创新链的九个学科方向。建院以来，授权专利700余件，共计3000余项科研成果在全国31个省、市、自治区实现产业化，多项科研成果获得国家及省、部级奖励。为打破国外产品的垄断、为提升我国医药工业的发展水平、为解决我国看病难用药贵的民生问题做出了巨大的贡献。
